وقتی شیخ حیدر به سن جوانی رسید، اوزون حسن دختر خویش مارتا، که مادرش کاترینای مسیحی مذهب ترابزونی بود را به عقد ازدواج او در آورده او را داماد خویش ساخت، طبیعی بود که این وصلت میتوانست جایگاه سیاسی شیخ حیدر را به عنوان خواهرزاده و داماد شاه بسیار مستحکم سازد. شیخ جنید، پدر شیخ حیدر تغییر مذهب داده و شیعه علوی شده بود و شیخ حیدر نیز تحت تاثیر افکار شیعه امامیه قرار داشت و گویا دستهایی پشت پرده، این خانواده را هدف قرار داده و به تدریج از سنی صوفی و سپس شیعه علوی و بعد به شیعه امامیه تغییر مذهب داده بود و چون اهمیت خانقاه را در بین مردم ملاحظه کرده بودند سعی در حفظ جایگاه آن داشتند. در سال ۸۵۸ شمسی بر آن شد که به هر بهایی شده از موقعیت خانقاه اردبیل در مقابل متشرعان و فقیهان آذربایجان حفاظت کند، او برای این منظور سیاست و شیوه مبارزاتی شیخ بدرالدین را احیاء و مقرر کرد که مریدانش لباس متحدالشکل بپوشند و کلاه نمدی سرخ رنگ دوازده ترک بر سر بگذارند، در این زمان عموم خلیفه زادگان شیخ بدرالدین در آناتولی جزو خلیفههای شیخ حیدر بودند، و در میان تاتارهای آناتولی فعالیت میکردند، از آنجا که مردم آذربایجان در آن زمان سنی بودند، شیخ حیدر در این سال بود بطور عملی جهاد با سنیها را آغاز نموده، ضمن یک فتوای صریح، اعلام داشت که همه اهل سنت در حکم کفارند، و فقیهان سنی دشمنان خدا به شمار میروند، و هر که از آنها تبعیت و تقلید کند از دین خارج شده به کافران ملحق میشود، و قتلش واجب میگردد. او در این فتوا اعلام کرد که جهاد با اهل سنت یک واجب شرعی است، و غارت اموال و اسیرکردن و فروختن زنان و فرزندان آنها ثواب عظیم دارد، او عقاید شیخ بدرالدین را مو به مو اجرا کرد، و همان عقیده افراطی تاتارهای بکتاشی آناتولی که علی ابن ابی طالب را تا مقام الوهی بالا برده، وی را مورد پرستش قرار میدادند، به صراحت تبلیغ کرد؛ و کلیه واجبات شرعی، از نماز و روزه و حج را تأویل کرده از گردن مریدانش انداخت. مریدان او که از این زمان به طور رسمی لقب قزلباش (به فارسی: سرخ سر) یافتند، دسته جات مسلح و منضبط جهادی را تشکیل دادند، و آبادیهای شروان و داغستان و مناطقی از قفقاز را که عموماً سنی مذهب بودند، تحت عنوان جهاد با کافران مورد حملات غارتگرانه قرار دادند.
مریدان شیخ حیدر در اردبیل و روستاهای اطراف دست به غارت و تاراج زدند، و شیوههای ارعاب آمیز همراه با خشونتهای شدیدی را در پیش گرفتند تا مخالفانشان را در وحشت دائم نگاه دارند، و از فکر هرگونه مقابله با آنها باز دارند، آنها تمام اقدامات ارعابیشان که در حقیقت برای تحکیم قدرت خودشان و به خاطر اخاذی از مردم اردبیل و آبادیهای اطراف انجام میدادند را برای سلطان یعقوب، جانشین اوزون حسن، به صورت تلاش برای نابودسازی مخالفان سلطان وانمود میکردند تا همواره حمایت او را با خود داشته باشند، آنها برای ارعاب مخالفانشان چنان شیوههای خشونت باری اعمال میکردند که شنیدن آن مو را براندام انسان راست میکند، فضلالله روزبهان خنجی در ذکر یک مورد از این شیوههای رُعب انگیز که یاد آور رفتار دیوهای افسانههای ایرانی است، چنین مینویسد: او را اردبیل برای آسیب رساندن به مخالفانش به هر وسیلهای متشبث میشد، از جمله سگ زنده را آلوده به نفت میکرد، و شب هنگام که همه در خواب بودند به آتش میکشید، و در سرای مخالفش رها میکرد، سگ که زنده زنده در میان شعلههای آتش میسوخت، از شدت سوزش به هر طرف خانه میدوید و خانه را شعلههای آن آتش به کام خود میکشید، و هستی فرد مخالف را به نابودی میکشاند.
اسماعیل فرزند حیدر در سال ۸۶۶ شمسی در اردبیل به دنیا آمد، مادرش مارتا دختر اوزوزن حسن و کاترینای ترابزونی مسیحی بود، مادر بزرگش کاترینا با این شرط با اوزون حسن ازدواج کرده بود که دین خودش را نگاه دارد و تا آخر عمرش از آزادی کامل دینی برخوردار باشد، او وقتی به عنوان همسر اوزون حسن وارد شهر آمُد شد، یک کشیش و چند موعظه گر و ندیم و چاکر و کلفت مسیحی را همراه آورد، او در شهر آمُد یک کلیسا بنا کرد تا روزهای یکشنبه در آن عبادت کند و به موعظه کشیش گوش فرا دهد. شیخ حیدر برای خود در آناتولی نیز بین تاتارها مریدانی داشت و برای او تبلیغ میکردند شروانشاه را باید سرسختترین دشمن شیخ حیدر نامید که همیشه بین آنها جنگ و درگیری بود و سرانجام نیز شیخ حیدر در جنگ با شروانشاه کشته شد، سلطان یعقوب سرانجام به کذب ادعاهای شیخ حیدر پی برد و دانست که او تنها برای حِس انتقامی که دارد مشغول تاراج و قتل عام مردم بخصوص اهل سنت است و با شروانشاه برای از بین بردن شیخ حیدر متحد شد. جنگ بزرگ قزلباشان با نیروی متحد سلطان یعقوب و شروانشاه در تیرماه ۸۶۷ شمسی رخ داد، قزلباشان در آغاز تلفات سنگینی بر نیروهای مشترک سلطان یعقوب و شروانشاه وارد آوردند، ولی در حینی که نیروی مشترک در آستانه شکست قرار داشت، شیخ حیدر تیر خورد و کشته شد، و مریدان تاتارش که بیفرمانده شده بودند سراسیمه پا به فرار نهادند، و بسیاری از آنها در حین فرارکشته شدند، فرمانده سپاه سلطان یعقوب، سرشیخ حیدر را از تن جدا کرده به تبریز برد، شیخ حیدر در سالهای اخیر جنایتهایی در آذربایجان کرده بود و در جنگهای اخیر نیز شمار بسیاری از بزرگان دین را در شروان به قتل رسانده، چندین مسجد و مدرسه را به آتش کشیده یا منهدم کرده بود و مردم آذربایجان از او در خشم بودند؛ و چون شیخ حیدر را وابسته به سلطان یعقوب میدانستند، طبیعی بود که نارضایتیشان متوجه سلطان یعقوب نیز بشود، سلطان یعقوب برای فرونشاندن خشم مردم آذربایجان دستور داد سر شیخ حیدر را در خیابانهای تبریز گردانده در معرض تماشای عموم نهادند، و سپس آن را در پیش سگان انداختند.