پس موسی و خضر با یکدیگر به راه افتادند و در ساحل دریا به سفر پرداختند تا اینکه سوار کشتی شدند خضر در اثنای سفر آن را سوراخ کرد، موسی گفت: آیا کشتی را سوراخ کردی تا سرنشینان آن را غرق کنی؟ واقعاً کار بسیار بدی کردی. حضرت حضر گفت: مگر نگفتم که تو هرگز نمیتوانی همراه من شکیبایی کنی؟. حضرت موسی گفت: مرا به خاطر فراموش کردن توصیهات بازخواست مکن و در کارم که یادگیری و پیروی از تو است بر من سخت مگیر. موسی و خضر به راه خود ادامه دادند تا آنگاه که از کشتی پیاده شدند و در مسیر خود به کودکی رسیدند، خضر او را کشت. موسی گفت: آیا انسان بیگناه و پاکی را کشتی، بدون آن که او کسی را کشته باشد؟ واقعاً کار زشت و ناپسندی کردی.
﴿قَالَ هَٰذَا فِرَاقُ بَیۡنِی وَبَیۡنِکَۚ سَأُنَبِّئُکَ بِتَأۡوِیلِ مَا لَمۡ تَسۡتَطِع عَّلَیۡهِ صَبۡرًا٧٨﴾ [الکهف: ۷۸].
«گفت: [ای موسی!] اکنون زمان جدایی میان من و توست؛ به زودی تو را به تفسیر و علت آنچه نتوانستی بر آن شکیبایی ورزی، آگاه میکنم..».
«باز موسی و خضرس به راه خود ادامه دادند تا به روستایی رسیدند. از اهالی آنجا غذا خواستند ولی آنان از مهمان کردن آن دو خودداری نمودند، ایشان در میان روستا به دیواری رسیدند که داشت فرو میریخت، خضر آن را تعمیر و بازسازی کرد. موسی گفت: اگر میخواستی میتوانستی در مقابل این کار مزدی بگیری و شکممان را بدان سیر کنیم. خضر گفت: اینک وقت جدایی من و تو است. من ترا از حکمت و راز کارهایی که در برابر آنها نتوانستی شکیبایی کنی آگاه میسازم».
و اما آن کشتی متعلق به گروهی از مستمندان بود که با آن در دریا کار میکردند و من خواستم آن را معیوب کنم و موقتاً از کار بیفتد چرا که سر راه آنان پادشاه ستمگری بود که همه کشتیهای سالم را غصب میکرد و میبرد و اما آن کودک که او را کشتم پدر و مادرش با ایمان بودند و اگر او زنده میماند میترسیدم که سرکشی و کفر را بدانان تحمیل کند و ایشان را از راه ببرد. ما خواستیم که پروردگارشان به جای او فرزند پاکتر و پر محبتتری بدیشان عطا فرماید و اما آن دیوار که آن را بدون دستمزد تعمیر کردم متعلق به دو کودک یتیم در شهر بود و زیر دیوار گنجی وجود داشت که مال ایشان بود و پدرشان مرد صالح و پارسائی بود و آن را برایشان پنهان کرده بود پس پروردگار تو خواست که آن دو کودک به حد بلوغ برسند و گنج خود را به مرحمت پروردگارت بیرون بیاورند و مردمان بدانند که صلاح پدران و مادران برای پسران و دختران و خوبی اصول برای فروع سودمند است. من به دستور خود این کارها را نکردهام و خودسرانه دست به چیزی نبردهام، بلکه فرمان خدا را اجراء نمودهام و برابر رهنمود خداوند این کارها را کردهام این بود راز و رمز کارهایی که توانایی شکیبایی در برابر آنها را نداشتی.