شیخ محمد ضیایی پس از عمری دعوت در سن ۵۵ سالگی در روزی ما بین چهارشنبه ۲۲ تیرماه ۱۳۷۳ تا چهار شنبه ۲۹ تیرماه ۱۳۷۳ مطابق با ۴ الی ۱۱ صفر ۱۴۱۵ ه_.ق به درجه رفیع شهادت رسید. شهادت شیخ آخرین و بزرگترین افتخار در زندگی دنیوی او بود که به آن نایل آمد.
پس از شهادت او مدرسه ای که با اخلاص او اداره می شد استوارتر از همیشه به کار خود ادامه داد و نوارهای سخنرانی او بین مردم دست به دست شد، مراسم تشییع جنازه ای که مردم برای او ترتیب دادند و نه خانواده وی، بی نظیر بود.
نه تنها از طرفداران شهید کاسته نشد بلکه کسانی که تا آن روز نام ضیایی را هم نشنیده بودند، آن روز شنیدند و مشتاق شناختن او شدند. اغراق نیست اگر بگوییم شیخ ضیایی دائره المعارفی از تاریخ اسلام و احکام اسلامی بود که جامعه اهل سنت از دست داد.
دنیا و هـر چـه بـود به دنیـا نهاد و رفت
چـون لاله داغ بر دل صحـرا نهاد و رفت
مــثل عـبــور حــادثه از مـــرز التهـــاب
بر روی لحظه های خطر پا نهاد و رفت
مثل نسیـم خـانه به دوش زمـانه بــود
مــا را در کنـارپنجـره تنهـا نهـاد و رفت
وقـت غـروب خـورشید همانند آفتــاب
آیـنــه در مقـابــل فــردا نهــاد و رفــت
گــل بود کـز مهـاجرت ناگـهان خـویش
داغ بهــاره ای بـــر مـا نهـــاد و رفــت