آنگاه پیامبر اکرم صلی الله علیه و سلم محمد بن مسلمه را در مدینه به عنوان جانشین خویش مقرر نمودو علی ابن ابیطالب را متولی امور خانواده خویش قرار داد و منافقان این گونه شایع کردند که پیامبر اکرم صلی الله علیه و سلم به خاطر اینکه حضرت علی در زحمت نیفتد، او را از شرکت در جنگ تبوک معاف نموده است.
بنابراین، علی سلاح خود را برگرفت و به رسول خدا در حالی که در منطقه (جرف) بود، ملحق گردید[۴۶] و گفت: ای رسول خدا! منافقان میگویند، چون شما راضی به زحمت من نبودهاید، مرا گذاشتهاید.
پیامبر فرمود: دروغ میگویند. من تو را جانشین خود در خانواده خود و خانوادهات گذاشتهام. آیا دوست نداری که جایگاه تو نسبت به من همان جایگاه هارون نسبت به موسی باشد؟ با این تفاوت که بعد از من پیامبری مبعوث نخواهد شد.
آن گاه علی به مدینه برگشت.
هنگامی که مسلمانان به فرماندهی پیامبر اکرم صلی الله علیه و سلم در ثنیهالوداع گرد آمدند، پیامبر اکرم امیران و فرماندهان لشکر را انتخاب نمود و به هر دستهای پرچمی داد و بزرگترین پرچم جنگ را بدست ابوبکر صدیق و پرچم دوم را به دست زبیر سپرد.
همچنین پرچم قبیلهای را به اسید بن حضیر و پرچم خزرج را به ابودجانه داد و به هر یکی از عشیرهها پرچم جداگانهای دادو نگهبانی لشکر را در تبوک از روز نخست تا روزی که از آنجا برگشتند، به عباد بن بشر سپرد.
او با گروه خود بر اطراف لشکر دور میزد و مواظف بود.
راهنمای پیامبر اکرم صلی الله علیه و سلم در این غزوه، علقمه بن فغواء خزاعی بود که بر راههای تبوک به خوبی آشنایی داشت.
در ارائه اطلاعات مربوط به چگونگی توزیع پرچمهای این غزوه، نظریه واقدی با دیگران متفاوت است و او متروک الحدیث است، اما با این حال در بخش سیرهنگاری اطلاعات بسیار ارزشمندی ارائه مینماید.
این غزوه، پیشرفت چشمگیری در تعداد جنگجویان به ویژه اسبسواران مشاهده میگردد. با دقت و توجه در تاریخ آغاز دعوت اسلام و تأسیس دولت اسلامی و تشکیل قوای نظامی به این نتیجه خواهیم رسید که آنان به پیشرفت فوقالعاده به ویژه در عرصه نظامی نایل آمدند؛ زیرا تعداد جنگجویان مسلمان بعد از آنکه در میدان بدر فقط سیصد و سیزده نفر بودند و در غزوه احد تعداد آنها به هفتصد و در احزاب به سه هزار و در فتح مکه به ده هزار و در غزوه حنین به دوازده هزار نفر رسید، در غزوه تبوک تعداد آنها به بیش از سی هزار نفر رسید.
همچنین تعداد اسبسواران در غزوه بدرفقط دو نفر بود و در غزوه احد نیز تعداد قابل ملاحظهای نبودند، اما بعد از گذشت چند سال تعداد آنها از ده هزار اسب هم گذشت.
این پیشرفت سریع حاکی از انتشار اسلام در شبهجزیره عربستان و به ویژه در میان صحرانشینان میباشد؛ چون آنها بیشتر از دیگران به اسبسواری و پرورش اسبها علاقمند بودند.