منظور از چالشهای داخلی منهج سلفی، چالشهایی است که از درون جریان سلفیت ایجاد میشود؛ از آن جمله میتوان به خودبزرگ بینی برخی از مدعیان سلفیت اشاره کرد که خود را تافته جدابافتهای از سایر مسلمانان و تنها فرقه ناجیه میپندارند و به مخالفانشان سرکوفت میزنند و آنان را محکوم به هلاکت میدانند. چنین رویکردی از سوی برخی از مدعیان سلفیت، باعث میشود تا منهج سلفی، به تنگ نظری متهم گردد و البته بر اساس چنین عملکردی، هر آن کس که در پارهای از مسایل فقهی، اندیشه و یا دیدگاه دیگری داشته باشد، سلفی بشمار نیاید! همچنین از دیگر چالشهای داخلی منهج سلفی، این است که برخی فعالیت دعوتی را بکلی در انجام برخی از کارهای علمی و تحقیقی و پژوهشی و شرح آنها و یا فراخواندن بهسوی آنها منحصر میکنند و از دیگر جنبههای دعوت باز میمانند.