شیعه ها وقتی سخنان زید بن علی بن حسین را شنیدند و دریافتند که او از شیخین ( ابوبکر و عمر رضی الله عنهما ) تبری نمی جوید و بلکه در حق ایشان میگوید : من جز به نیکی در مورد ایشان نمی گویم و پدرم نیز چنین بود بلکه علیه بنی امیه که پدر بزرگم ( حسین رضی الله عنه ) را به شهادت رساندند قیام نموده ام از او جدا شدند و سخنان وی را رد کردند به گونه ای که زید بن زین العابدین به ایشان گفت : مرا ترک کردید! و از آن روز ترک کنندگان { رافضه } نامیده شدند.
(الفرق بین الفرق ص ۲۵ و الملل و النحل ۱۵۵/۱).
تاریخ مذاهب اسلام ابومنصور عبدالقاهر بغدادی یا ترجمه الفرق بین الفرق با مقدمه و حواشی و تعلیقات و ترجمه النکت الاعتقادیه شیخ مفید
دلایلی بر اسماعیلی بودن شهرستانی
در اوایل قرن چهاردهم/ بیستم، شهرستانی متکلم اشعری و مورخ ادیان شناخته میشد.
اما اخیراً محققانی مانند محمدرضا جلالی نائینی، محمدتقی دانشپژوه، ویلفرد مادلونگ و گی مونو دلایلی بر اسماعیلی بودن او اقامه کردهاند.
گفتنی است که در دورۀ شهرستانی، برخی معاصرانش وی را به پیروی از عقاید اسماعیلی متهم ساخته بودند.
این اتهامات عمدتاً به دو مأخذ متکی بود: التحبیر سمعانی که ذهبی از آن در تاریخالاسلام نقل قول کرده است، و تاریخ خوارزم محمود بن محمد خوارزمی که یاقوت مطالبی را به نقل از آن در معجمالبلدان آورده است.
ویلیام کیورتن (متوفی ۱۸۶۴)، مصحح الملل و النحل، همچون بسیاری از پژوهشگران معاصر خود، مطالب وفیات ابنخلّکان را مسلّم گرفته و توصیف شهرستانی به عنوان متکلمی اشعری از هموست.
در میان پژوهشگران غربی، شناخت شهرستانی با انتشار ترجمه تئودور هاربروکر از الملل در ۱۲۶۲/۱۸۴۶ آغاز شد.
در جلالی نائینی توجه محققان را به متن فارسی نویافتهای از شهرستانی، با عنوان مجلس، جلب کرد که شهرستانی آن را در مسجدی، به احتمال بسیار برای مخاطبان شیعی دوازده امامی، ایراد کرده بوده است.
این رساله مختصر در دوران پختگی وی به تحریر درآمده است.
جلالی نائینی در مقدمه رساله، فرضیه اسماعیلی بودن شهرستانی را مطرح کرده است.
استدلال او بر این واقعیت مبتنی است که شهرستانی در مفاتیحالاسرار و مصابیحالابرار از آشنا شدن خویش با قرآن به واسطه استادی گمنام سخن گفته است.